Puncak kariernya di bank sentral terjadi saat ia resmi dilantik sebagai Deputi Gubernur Bank Indonesia berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 147/P Tahun 2021 tertanggal 24 Desember 2021, dan mengucapkan sumpah jabatan pada 6 Januari 2022 untuk masa jabatan hingga 2027.
Beralih ke Kementerian Keuangan
Namun, Juda Agung mengajukan pengunduran diri dari jabatan Deputi Gubernur BI sejak 13 Januari 2026. Seiring dengan itu, muncul spekulasi pertukaran jabatan dengan Thomas Djiwandono.
Spekulasi tersebut akhirnya terkonfirmasi setelah Juda Agung resmi dilantik sebagai Wakil Menteri Keuangan RI, menandai babak baru kiprahnya dalam pengelolaan kebijakan fiskal nasional.